害有蓮藕腐敗病、褐斑病、僵藕、食根金花蟲和蚜蟲等，以腐敗病危害最為嚴重。腐敗病以預防為主，具體措施有：①合理輪作，蓮藕連作最好不超過3年，要與其他水生蔬菜或水稻輪作，最好水旱輪作；②選用無病藕田留種，并對藕種進行消毒；③徹底清除田間病殘枝葉；④發病后應及時拔除初發病株并噴藥控病，同時將病株帶出田外銷毀。由鐮刀菌侵染致病的每畝拌細土撒施75%百菌清+50％的多菌靈（或70%甲基硫菌靈）（1:1）2 千克，撒入淺水中，2-3天后用45%噻菌靈（特克多）懸浮劑1 000倍液噴灑地上部。由腐霉菌侵染致病的可選用68%精甲霜錳鋅（金雷