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朱懷球——生物信息學專家、北京大學教授

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最后更新：	2015-03-23

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專家信息：

朱懷球——生物信息學專家，男，博士�，F任北京大學工學院生物醫學工程系教授、博士生導師，湍流與復雜系統國家重點實驗室、北京大學定量生物學中心、北京大學蛋白質科學中心的成員，國家自然科學基金創新群體“生物網絡研究”成員。

教育及工作經歷：

1992年獲華中理工大學（現華中科技大學）力學系工程力學專業工學學士學位。

1997年獲北京大學力學系流體力學專業理學碩士。

2000年獲北京大學力學系流體力學專業博士學位。

2001年至2002年北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室、理論生物學中心博士后，轉向計算生物學跨學科領域研究。

2003年至2006年北京大學力學與工程科學系講師、副教授。

2006年3月北京大學工學院生物醫學工程系副教授。

2007年9月至2008年8月赫爾辛基大學芬蘭基因組中心訪問學者。

社會任職：

1．中國醫藥生物技術協會生物醫學信息技術分會委員。

2．國際期刊Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology (IJCIBSB)副主編。

3． Dataset Papers in Biol.編委。

4． Hans J. Comput. Biol. (HJCB)編委。

5．《Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology (IJCIBSB)》副編輯。擔任《Nucleic Acids Res.》、《Bioinformatics》、《BMC Bioinformatics》、《BMC Genomics》、《Journal of Theoretical Biology》、《Journal of Bioinformatics and Computational Biology》、《IEEE Transactions on Signal Processing》以及《中國科學》、《生物化學與生物物理進展》和《生物物理學報》等學術期刊論文審稿人。

科學研究：

研究方向：

主要從事生物信息學，計算系統生物學的研究。

承擔科研項目情況：

先后主持和合作承擔國家自然科學基金、國家科技部973計劃等國家級項目十余項。

1．國家自然科學基金重大研究計劃培育項目“極端微生物宏基因組微進化的計算生物學研究”，2013-2015，主持。

2．北京大學工學院——醫學部交叉學科聯合研究種子基金項目“ICU醫護環境數字化研究”，2012-2013，主持。

3．國家科技部十二五國家科技支撐計劃項目“腸道微生物與腦腸軸功能交互作用平臺研究”，2012-2016，參與。

4．國家自然科學基金重點項目“神經影像的時間信息提取及其在中樞藥物療效檢測中的應用”，2012-2016，參與。

5．北京大學臨床醫院合作專項“腸道微生物與消化代謝相關疾病研究平臺”，2012-2015，參與。

6．北京市優秀博士學位論文指導教師科技項目“宏基因組的生物信息學方法和技術”，2011-2013，主持。

7．國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）子課題“視覺假體的信息處理及編碼理論研究”，2011-2016，負責。

8．國家自然科學基金項目“人腸道微生物組的基因預測與序列拼接方法研究”，2010-2012，主持。

9．北大醫工聯合研究種子基金項目“腸易激綜合征相關腸道菌群的系統生物學研究”，2010-2011，主持。

10．國家科技部科技重大專項“高成藥性先導化合物設計與優化技術研究”，2009-2010。

11．國家自然科學基金項目“基于翻譯起始機制的原核基因組比較的生物信息學研究”，2008-2010，主持。

12． GaTech/Emory University --Peking University BME聯合種子基金項目“New gene finding methods for shotgun DNA sequences of microbial communities coexisting with a human host”，2008-2009，主持。

13．北京大學工學院青年人才基金“基因預測新方法以及比較基因組學研究”，2006-2009，主持。

14．國家自然科學基金項目“真核基因預測新算法的研究”，2004-2006，主持。

15．國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）子項目“基于表達調控網絡的基因功能預測”，2003-2008，負責。

16．國家自然科學基金數理學部SARS特別基金項目“SARS及其它冠狀病毒演化的數學物理模型分析”，2003-2004，合作承擔。

17．國家自然科學基金重大研究計劃面上項目“真核生物基因轉錄調控的信息結構及作用原理”，2003-2006，合作承擔。

科研成果：

主持發展的微生物基因組分析與基因預測系列方法達到國際領先水平，并被應用于美國St. Louis華盛頓大學、英國Sanger研究所和法國原子能委員會（CEA Cadarche）等多項國際微生物基因組測序計劃。

論文專著：

發表學術論文20余篇。

發表英文論文：

1. Chengwei Luo, Gang-Qing Hu, Huaiqiu Zhu, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.

2. Hong Kang, Xin-Qiu Yao , Zhen-Su She, Huaiqiu Zhu. Water-protein interplay reveals the specificity of alpha-lytic protease. Biochem. Bioph. Res. Co., 2009, 385: 165-169.

3. Gang-Qing Hu, Xiaobin Zheng, Yi-Fan Yang, Philippe Ortet, Zhen-Su She, Huaiqiu Zhu. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.

4. Huaiqiu Zhu, Gang-Qing Hu, Yi-Fan Yang, Jin Wang, Zhen-Su She. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.

5. Huai-Qiu Zhu, Gang-Qing Hu, Zheng-Qing Ouyang, Jin Wang, Zhen-Su She. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.

發表中文論文：

1 A novel gene identification method in metagenomic shotgun reads 劉永初; 郭江濤;朱懷球 北京大學工學院生物醫學工程系理論生物學中心【中國會議】第四屆全國生物信息學與系統生物學學術大會論文集 2010-10-06

2 A tool for assembling the metagenomic shotgun sequencing reads 賴彬彬; 丁若谷; 李陽; 朱懷球 北京大學工學院生物醫學工程系理論生物學中心【中國會議】第四屆全國生物信息學與系統生物學學術大會論文集 2010-10-06

3 Comparative study on the translation initiation mechanism in metagenomes 郭江濤; 劉璐瀛; 朱懷球 北京大學工學院生物醫學工程系理論生物學中心【中國會議】第四屆全國生物信息學與系統生物學學術大會論文集 2010-10-06

4 Epigenetic memory of p-pili expression controlled by pap operon in Uropathogen Escherichia coli 康宏; 李陽; 朱懷球 北京大學工學院生物醫學工程系理論生物學中心【中國會議】第四屆全國生物信息學與系統生物學學術大會論文集 2010-10-06

5 Leaderless genes in bacteria:clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes 鄭曉斌; 胡鋼清; 朱懷球 北京大學工學院生物醫學工程系理論生物學中心; National Heart; Lung and Blood Institute; Bethesda; MD 20892 【中國會議】第四屆全國生物信息學與系統生物學學術大會論文集 2010-10-06

6 致病菌及菌群基因組的生物信息學研究 朱懷球 北京大學生物醫學工程系【中國會議】新觀點新學說學術沙龍文集43：傳染病的遺傳易感性 2010-09-17

7 計算流體力學、CFD軟件與工程服務吳江航; 朱懷球 北京大學湍流研究國家重點實驗室; 北京大學湍流研究國家重點實驗室【中國會議】中國土木工程學會計算機應用分會第七屆年會論文集 1999-06-30

8 計算流體力學、CFD軟件與工程服務吳江航; 朱懷球 北京大學湍流研究國家重點實驗室; 北京大學湍流研究國家重點實驗室【中國會議】中國土木工程學會計算機應用分會第七屆年會土木工程計算機應用文集 1999-04-01

9 原核生物基因系統的統計模型及其應用余振蘇; 朱懷球 北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室; 北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室【中國會議】北京力學會第11屆學術年會論文摘要集 2005-01-01

10 致病性大腸桿菌CFT073菌株基因組的再注釋胡鋼清; 朱懷球 北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室; 北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室【中國會議】中國生物醫學工程進展——2007中國生物醫學工程聯合學術年會論文集（下冊） 2007-04-01

11 一種基于翻譯調控信號的原核生物基因組比較方法劉永初; 朱懷球 北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室生物醫學工程系; 理論生物學中心; 北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室生物醫學工程系【中國會議】中國生物醫學工程進展——2007中國生物醫學工程聯合學術年會論文集（下冊） 2007-04-01

12 基于迭代自學習的操縱子結構預測吳文琪; 鄭曉斌; 劉永初; 湯凱; 朱懷球 北京大學湍流與復雜系統國家重點實驗室工學院生物醫學工程系理論生物中心蛋白質科學中心【期刊】生物化學與生物物理進展 2011-08-09 14:29

13 蛋白折疊中的暫態結構與表面水分子慢尺度動力學高萌; 姚新秋; 佘振蘇; 劉志榮; 朱懷球 北京大學工學院; 北京大學理論生物學中心; 北京大學化學與分子工程學院【期刊】物理化學學報 2010-07-15

14 致病性大腸桿菌UPEC CFT073全基因組分析及致病機制的新認識羅成偉; 胡鋼清; 朱懷球 北京大學工學院生物醫學工程系; 理論生物學中心【期刊】生物物理學報 2009-08-15

15 CYP72B1基因和AUR3基因響應光、生長素和油菜素內酯的轉錄調控機制研究張長青; 王進; 朱懷球; 高翔南京大學生命科學學院; 醫藥生物技術國家重點實驗室; 金陵科技學院園藝學院; 北京大學理論生物中心; 南京大學模式動物研究所【期刊】生物化學與生物物理進展 2009-09-15

16 基于剪接信號和調節元件序列特征的剪接位點預測方法孫宗曉; 桑凌潔; 居理寧; 朱懷球 北京大學工學院湍流與復雜系統國家重點實驗室; 生物醫學工程系; 理論生物學中心【期刊】科學通報 2008-10-08

17 原核基因翻譯起始位點預測的新方法(英文) 胡鋼清; 劉永初; 鄭曉斌; 楊一帆; 佘振蘇;朱懷球 北京大學生物醫學工程系、湍流與復雜系統國家重點實驗室; 北京大學理論生物學中心; Department of Mathematics; UCLA; Los Angeles; The Finnish Genome Center; University of Helsinki 【期刊】生物化學與生物物理進展 2008-11-15

18 SARS冠狀病毒的起源和進化初探佘振蘇; 楊鑄; 歐陽正清; 朱懷球; 王超; 尹建鑫北京大學理論生物學中心; 湍流與復雜系統國家重點實驗室; 北京大學理論生物學中心; 湍流與復雜系統國家重點實驗室北京【期刊】北京大學學報(自然科學版) 2003-11-20

19 基于Voronoi Cells的自然鄰點插值法在地形可視化中的應用謝經平; 朱懷球; 吳泰然; 潘懋北京大學地質系信息系統實驗室; 北京大學力學與工程科學系; 北京大學地質系信息系統實驗室; 北京大學地質系信息系統實驗室北京【期刊】遙感信息 2002-03-30

20 一種基于Voronoi Cells的C~∞插值基函數及其在計算流體力學中的若干應用 朱懷球; 吳江航北京大學力學與工程科學系湍流研究國家重點實驗室; 北京大學力學與工程科學系湍流研究國家重點實驗室【期刊】北京大學學報(自然科學版) 2001-09-20

21 基于C~∞基函數的自然鄰點插值(NNI)方法在科學計算可視化上的應用 朱懷球; 吳江航北京大學湍流研究國家重點實驗室; 北京大學湍流研究國家重點實驗室【期刊】計算機工程與應用 2001-01-01

22 基于Voronoicells的二維不規則自適應網格的生成及其應用 朱懷球; 王美秋; 程雪玲北京大學湍流研究國家重點實驗室; 北京大學湍流研究國家重點實驗室; 北京大學湍流研究國家重點實驗室北京【期刊】計算力學學報 2002-02-15

23 含瓦斯煤在突然卸壓下的開裂破壞談慶明; 俞善炳; 朱懷球; 鄭哲敏中國科學院力學研究所; 北京大學【期刊】煤炭學報 1997-10-25

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